طريقة استعمال الزعتر علاجيا، يتم عبر “تناوله عن طريق الفم في حالات التهاب القصبات الهوائية، والسعال الديكي، والتهاب الحلق، والمغص، والتهاب المفاصل، واضطرابات المعدة”.
بالإضافة إلى “آلام البطن، والإسهال، والتبول الليلي، والاضطرابات الحركية في الأطفال (dyspraxia)، والنفخة، وعدوى الدودة الطفيلية، والمشكلات الجلدية، وتحفيز الشهية، ويمكن أيضا استعماله كمدرّ أو مطهر للبول”.
كما يستعمل بعض الناس الزعتر بشكل مباشر على الجلد، كما يفيد مضغه وبلعه في حالة بحة الصوت، وتورم اللوزتين، وتقرحات الفم، ورائحة النفس الكريهة.
ويُستعمل أيضا زيت عشبة الزعتر كمعقم (قاتل للجراثيم) في غسول الفم والمراهم، وأيضا لعلاج الصلع عبر وضع معجونه على فروة الرأس ( يفيد عند البعض فقط)، وفي الأذنين لمكافحة العدوى البكتيرية أو الفطرية. ويستعمل الثايمول (Thymol) وهو مركب كيميائي في الزعتر مع مركب كيميائي آخر (chlorhexidine) كمستحضر للأسنان لمنع التسوس.